Hijyenik olmayan, yaş bir ahır zemini başka enfeksiyonlu rahatsızlıklarının meydana gelmesine yol açar. Bu nedenden dolayı yaş barınak zeminleri canlıların tırnaklarında ve boynuz formlarında bozulmalara neden olur. Ayrıca zemin şartlarının kötü olması canlılarda topuk erozyonuna da yol açabilir.

Barınakların zeminlerinin hijyenik olmaması ve yaş durumda olması canlıların sütlerindeki verimlerde de azalmaların meydana gelmesine sebep olur. Barınakların gerek hijyenik gerek de steril olması canlıların yaşam standartları yönünden son derece önem arz eden bir durumdur. Barınaklarda zeminler sürekli hijyenik tutulmalıdır ve yaş bırakılmamalıdır. Barınaklar, hayatlarını sürdüren canlıların çoğu zamanlarını geçirmiş olduğu bir yer olduğu için hijyenik tutulması oldukça önemlidir.

Barınak yerinde bakmış olduğunuz canlıların gübrelerinin her daim yaşadıkları yerden alınıp temizlikleri temin edilmelidir. Ayrıca barınaklarda gübrelerden dolayı kaynaklanan baskın kokunun kalmaması için rutin bir biçimde havalandırma işlemi yapılmalıdır.

Temizlik işleminin yapılmasının ardından zeminin tamamıyla yaş olmaması temin edilmelidir. Ayrıca canlıların su içmiş oldukları yalaklar, her yeme işleminden sonra iyi biçimde temizliği yapılmalıdır. Temizleme sırasında hücrelerde ortaya çıkan çukurların dışkı ile dolu olmaması için çukur araları kumlarla doldurulmalıdır. Ayriyeten temizleme işlemlerinin kolay olabilmesi için barınağın planlı olması gerekmektedir. Barınağın zemini yumuşak değilse mutlaka altlıklar olmalıdır. Barınakların gerek giriş gerek de çıkış yerlerinin temizlikleri asla göz ardı edilmemelidir. Yumuşak olmayan zeminin bazı dönemlerde kireç tozları ile temizlenmesi barınakta var olan mikropların yok edilmesine destek olur.

Barınakta bulunan ishal olan canlıların farklı bir kısma alınması daha doğru olacaktır. Bu durumun neticesinde bu işle ilgilenmiş olan insanların yeterli seviyede kazanç temin edebilmeleri için barınakların temizliğini her gün rutin bir şekilde uygulanmalıdır. Barınakların temizliği ihmal edilmediği müddet boyunca canlılarda herhangi bir rahatsızlık ortaya çıkmayacaktır. Şayet canlılarda rahatsızlık ortaya çıkarsa bu rahatsızlıktan dolayı randımanda azalma görülecektir. Verimdeki bu azalma ise yetiştiricilerin ekonomik açıdan kayıplar yaşamalarına yol açabilir. Bu tür ekonomik kayıpların önüne geçmek için barınakların temizliği kesinlikle göz ardı edilmemelidir.